Annotation fonctionnelle de l'ensemble des petits ARN nucléolaires de type C/D humains

 

Michelle Scott

Université de Sherbrooke

 

Domaine : organismes vivants

Programme projet de recherche en équipe

Concours 2015-2016

Les petits ARN nucléolaires (snoRNA) jouent un rôle essentiel dans la biogénèse des ribosomes en servant de guides pour la modification séquence-spécifique de l'ARN ribosomal. Cependant, chez l'humain, des 269 snoRNA de type C/D identifiés, 50% n'ont pas de cibles connues. De plus, nous avons récemment démontré que plus de la moitié des snoRNA de type C/D humains ne requièrent pas NOP58, une composante essentielle du complexe C/D canonique.

Soutenant ces découvertes, des études indépendantes démontrent des fonctions non canoniques diverses et importantes pour une quantité croissante de snoRNA. Pour élucider cette variabilité et caractériser de façon systématique l'ensemble des snoRNA humains, nous combinerons des techniques de séquençage à haut-débit, de cartographie par PCR et de bio-informatique intégrative pour identifier tous les snoRNA canoniques et classifier les snoRNA non canoniques. Pour ce faire, nous définirons les snoRNA canoniques en séquençant à haut débit tous les petits ARNs de cellules déplétées des facteurs de biogénèse connus. En parallèle, nous criblerons l'ensemble des protéines humaines liant l'ARN pour identifier les facteurs importants pour la biogénèse et/ou stabilité des snoRNA non canoniques. Par analyse de partionnement et d'enrichissement, nous définirons les caractéristiques importantes de ces sous-classes de snoRNA. Enfin, nous caractériserons la composition de ces complexes par immunoprécipitation.

Cette étude extensive définira systématiquement l'ensemble des snoRNA de type C/D humains, élucidant l'étendue et la diversité de ces régulateurs essentiels et créant une base de données publique qui sera indispensable pour caractériser leurs rôles cellulaires et les conséquences de leur dérégulation dans de nombreuses maladies.