Dissection des ORF cryptiques d'un génome eucaryote modèle par une approche de biologie des systèmes

 

Christian Landry

Université Laval

 

Domaine : organismes vivants

Programme projet de recherche en équipe

Concours 2014-2015

L'enjeu majeur de l'ère post-génomique est d'arriver à décrypter l'information contenue dans les génomes. Prédire quelles sont les protéines produites par un gène donné demeure difficile dû à l'épissage alternatif des ARN messagers et au fait qu'un ARN messager donné peut contenir plusieurs séquences codantes (ORF) qui se chevauchent dans des cadres de lecture différents. Ces ORF sont appelés ORF alternatifs (ORFalt) parce qu'ils ne sont pas des ORF reconnus et prédits par les algorithmes de prédiction conventionnels.

Or, des travaux récents ont démontré que de tels ORFalt sont abondants dans les génomes eucaryotes et qu'une fraction importante pourrait être traduite en protéine, dont les fonctions, si elles en ont, demeurent inconnues. Si ces ORFalt codent pour des fonctions importantes, la façon dont les génomes sont annotés et dont les analyses protéomiques sont faites présentement devra être revues en profondeur. Ce projet de recherche vise à étudier à grande échelle ces ORFalt dans un génome modèle simple par une approche de biologie des systèmes. Les équipes Landry et Roucou ont des expertises complémentaires en génomique, bioinformatique, protéomique et biologie cellulaire qui permettront de jeter un éclairage nouveau et original sur ces ORF alternatifs.

Les retombées de ces travaux seront majeures et permettront de mieux comprendre comment l'information est encodée dans un génome, de mieux comprendre le rôle des petites protéines en biologie cellulaire, de mettre de l'avant de nouveaux modèles de l'évolution de nouveaux gènes et enfin, d'initier un programme de recherche plus vaste qui s'attaquera aux ORFalt des cellules humaines.