Première annotation génomique d'un agent de lutte biologique : évaluation comparative de l'adaptation d'un agent bénéfique et d'un agent pathogène

 

Richard R. Bélanger

Université Laval

 

Domaine : organismes vivants

Programme projet de recherche en équipe

Concours 2010-2011

Une série de découvertes fortuites et les avancées dans le séquençage à haut débit sont à la base de ce projet qui propose la première étude d'annotation génomique complète et de génomique fonctionnelle d'un agent de lutte biologique (ALB) fongique, Pseudozyma flocculosa. En effet, on a récemment découvert que ce petit champignon aux propriétés antagonistes reconnues contre la maladie du blanc se trouvait à posséder un lien génétique étroit avec le champignon-modèle pathogène Ustilago maydis, dont le génome complet a dernièrement été rendu public. Afin d'exploiter cette opportunité unique, nous avons procédé au séquençage de P. flocculosa et nous sommes maintenant en mesure d'en faire l'annotation complète et de mener des études comparatives de génomique fonctionnelle qui répondront à des questions dont les réponses ne pouvaient qu'être spéculatives sans ces données.

En effet, ce travail fournira des données de fonctionnalité inédites dans le contexte de l'étude de l'efficacité de l'ALB et de la compréhension des mécanismes évolutifs distinguant un agent pathogène (U. maydis) d'un agent bénéfique. Comme les mécanismes de virulence d U. maydis sont bien détaillés, il devient donc possible d'identifier les différences au niveau de la présence ou absence, de mutations, ou encore d'expression ou répression de gènes qui distinguent deux organismes au génome presqu'identique, mais au comportement écologique complètement différent. Les résultats obtenus permettront, dans le cadre de la même étude, d'identifier avec spécificité les déterminants génétiques qui favorisent l'activité d'un ALB et ceux qui gouvernent la virulence chez un agent pathogène.