Développement d'une nouvelle stratégie permettant la résolution du réseau d'interaction d'ARN régulateurs chez Staphylococcus aureus

 

Éric Massé

Université de Sherbrooke

 

Domaine : organismes vivants

Programme projet de recherche en équipe

Concours 2014-2015

Pour coordonner l'expression des gènes de virulence, Staphylococcus aureus utilise diverses voies de signalisation qui comprennent environ 250 ARNs régulateurs. Ces ARN régulateurs modifient l'expression des gènes et permettent l'adaptation des bactéries à un environnement en perpétuel changement. Bien que le nombre de petits ARN bactériens annotés augmente, leur caractérisation fonctionnelle est déficiente.

Nous proposons d'étudier les ARN cibles des ARN régulateurs SprD et RNAIII, ce dernier étant un modèle d'étude dans l'exploration des fonctions des ARN régulateurs. Bien que RNAIII contrôle directement différentes cibles ARNm, nous ne connaissons pas la totalité de ses gènes cibles.

De plus, alors que les ARNs régulateurs chez d'autres espèces bactériennes (par ex. E. coli, Salmonella) sont connus pour utiliser une chaperone à ARN, formant ainsi un complexe ribonucléoprotéique (RNP), une telle protéine n'a jamais été trouvée chez S. aureus. Il est donc urgent de proposer et d'utiliser de nouvelles technologies pour détecter les ARNm et protéines ciblés par les ARN régulateurs de S. aureus. Nous décrivons l'utilisation d'une technique de copurification combinée avec le séquençage Illumina afin de découvrir les ARNm ciblés par les ARN régulateurs clés impliqués dans les mécanismes de virulence de S. aureus.

De plus, une technique similaire sera effectuée mais pour détecter les protéines liant l'ARN que l'on trouve habituellement attachées au ARN régulateurs. Notre programme aborde également la prédiction des cibles ARNm par bioinformatique, qui demeure l'un des grands défis dans le domaine des ARN régulateurs.