Exploitation du microbiome du sol arctique en vue d'identifier de nouveaux bioproduits à fort potentiel industriel

 

Samantha Gruenheid

Université McGill

 

Domaine : organismes vivants

Programme : projet de recherche en équipe

Concours 2017-2018

Le phénomène de résistance aux antibiotiques nous confronte à une crise mondiale imminente. Pour faire face à cette menace, il est nécessaire d'implémenter des méthodes innovatrices pour le développement de nouveaux composés antimicrobiens. Les bactéries du sol représentent une source importante de nouveaux antimicrobiens. Pour rivaliser avec succès dans leur niche écologique, les microorganismes du sol produisent des métabolites secondaires qui inhibent la croissance de leurs concurrents. Plusieures de ces molécules ont été développées pour une utilisation industrielle et clinique et de la majorité des antibiotiques utilisés aujourd'hui proviennent de microorganismes du sol. Ici, nous proposons une approche entièrement nouvelle pour découvrir de nouveaux antibiotiques de bactéries du sol.

Premièrement, nous allons maximiser la biodiversité des bactéries qui entrent dans notre pipeline de découverte en isolant des microorganismes à partir de niches écologiques inexploitées au sein de l'Extrême-Arctique canadien en utilisant une nouvelle technologie pour «domestiquer» des bactéries précédemment non cultivables. Deuxièmement, en utilisant une nouvelle approche participative (crowdsourcing) que nous avons mis en place, nous impliquerons des centaines d'étudiants de premier cycle en microbiologie dans un projet de dépistage d'activité antibiotique. Troisièmement, nous allons mettre en place une pipeline d'analyse de haute qualité pour valider et caractériser des isolats les plus prometteurs au niveaux génomique, phénotypique et chimique.

Les résultats attendus de ce programme comprennent de nouvelles connaissances en biologie extremophile, des composés de grand intérêt pour l'industrie, et la formation de personnel avec une expertise transdisciplinaire.