Réseaux phylogénétiques et leurs applications pratiques en évolution, biogéographie et sciences biomédicales

 

Vladimir Makarenkov

Université du Québec à Montréal

 

Domaine : organismes vivants

Programme projet de recherche en équipe

Concours 2013-2014

Le phénomène de l'évolution réticulée, qui ne peut être adéquatement représenté qu'à l'aide de réseaux phylogénétiques, sera étudié dans le contexte du transfert horizontal de gènes, de l'hybridation entre espèces et de la dispersion biogéographique.

Nous proposerons d'abord une nouvelle méthode générique basée sur un modèle probabiliste pour la construction et la validation de réseaux phylogénétiques. En appliquant la nouvelle méthode, nous analyserons avec confiance le processus de transfert horizontal de gènes (complet et partiel) chez les bactéries, les virus et les plasmides. Deuxièmement, nous étudierons les espèces hybrides de la flore du Québec sur la base des données moléculaires. Troisièmement, nous évaluerons l'impact du transfert horizontal de gènes sur la résistance des bactéries aux antibiotiques. En plus, une base de données biomédicale contemporaine dédiée aux gènes résistants aux antibiotiques sera créée. Finalement, l'approche développée sera utilisée pour modéliser des réseaux de propagation de poissons au Québec et en Ontario.

 La base de données des gènes résistants aux antibiotiques et le logiciel incluant les nouveaux modèles de détection des transferts horizontaux seront mis à la disposition de la communauté scientifique. Dans le cadre de ce projet, notre équipe multidisciplinaire de biologistes systématiciens, bioinformaticiens et biostatisticiens mettra l'accent sur la formation du personnel scientifique hautement qualifié qui sera d'une grande importance stratégique, tant pour le secteur académique que pour les entreprises de biotechnologie québécoises et canadiennes.