Au cours de son existence, le Fonds de recherche du Québec – Nature et technologies (FRQNT) a développé des dizaines d'ententes de partenariats avec différents partenaires des secteurs public, privé et communautaire. Ces ententes ont porté sur des sujets aussi variés que l'aménagement et l'environnement forestiers, la production et la transformation laitière, la réduction et la séquestration des gaz à effet de serre, la préservation et l'amélioration de la valeur nutritive des aliments, la sécurité routière, etc., en plus de différentes évaluations de programmes gouvernementaux.